Le atraía mucho el estudio y estuvo tentado de quedarse en Roma para llevar una vida académica, pero le pudo más el espíritu misionero que lo arrastraría hacia el Perú. Tras su ordenación fue destinado a trabajar en la misión de Chulucanas y sirvió en las ciudades de Piura, Trujillo y Chiclayo de 1985 a 1986 y de 1988 a 1998, como vicario parroquial, funcionario diocesano, profesor de seminario y administrador parroquial. Posteriormente, fue elegido prior general de los agustinos, cargo que ocupó de 2001 a 2013.
El Papa Francisco lo nombró administrador apostólico de Chiclayo en el año 2014; el año 2015 adquirió la nacionalidad de ese país y fue nombrado obispo residencial de Chiclayo. Ocupó el cargo de obispo de 2015 a 2023.
Pidió quedarse en el Perú cuando el papa Francisco se lo quiso llevar a Roma. Pensaba que no era el momento de irse, se sentía comprometido con el Perú, pero Dios tenía otros planes… Robert Prevost fue nombrado Prefecto del Dicasterio para los Obispos y, también, presidente de la Pontificia Comisión para América Latina, desempeñando estos cargos hasta abril de 2025.
No es fácil hacerse a un país siendo de otro. Amar el lugar donde vives, luchar por amarlo. No comparar. Buscar lo bueno y obviar en lo posible lo que a uno no le parezca bueno… Todos los peruanos que lo trataron vieron en él una agustino que buscaba el Amor de Dios y el prójimo a través de la caridad fraterna. Vivió muy bien el «Hacerse a todos para ganar a todos».
Era americano pero nunca lo sintieron extraño. Era agustino, pero no trajo ningún agustino con él. Un hombre receptivo que transmitía tranquilidad y confianza. Se ganó el cariño de todos. Era muy querido, se podría decir que se hizo peruano.
Siempre fue un peruano más. Nunca hablaba de los EEUU. Se había adaptado muy bien a la tierra, en cultura, comida e incluso quería aprender las expresiones y forma de hablar de Chiclayo, porque fue allí a servir. Solamente había un día en que recordaba su tierra natal: el día de Acción de Gracias en el que troceaba el pavo como lo hacía su padre.
León XIV en su primera audiencia se dirigió en castellano a su antigua diócesis de Chiclayo, mostrando su cercanía con la comunidad latinoamericana. Llevaba Perú dentro del corazón, donde vivió por casi veinte años y fue reconocido por su cercanía al pueblo: «Mi querida diócesis de Chiclayo, en Perú, donde, un pueblo fiel, ha acompañado a su obispo, ha compartido su fe y ha dado tanto tanto tanto…»
